Le nom pharmaceutique dérive généralement du nom botanique latin et se compose d'un terme indiquant la partie de la plante ou de l'animal utilisée, suivi du nom du genre. Parfois, le nom de l'espèce est également ajouté lorsque la materia medica inclut plus d'un membre d'un même genre.
Radix Bupleuri est le nom pharmaceutique des racines séchées de Bupleurum chinense D.C. ou de Bupleurum scorzoneraefolium Wild.; les deux espèces sont interchangeables dans leurs applications. Un autre exemple est Radix Angelicae, qui désigne les racines de l'une des trois espèces suivantes : Angelica dahurica Benth. et Hook., A. anomala Lallem. et A. taiwaniana Boiss.
En revanche, Radix Angelicae Sinensis est le nom pharmaceutique d'une plante différente, aux propriétés très différentes de celles de Radix Angelicae, et se distingue par l'inclusion explicite du nom de l'espèce, sinensis, dans le nom pharmaceutique.
Dans certains cas, une entrée de la materia medica peut être constituée de plusieurs espèces appartenant à des genres différents. Herba Jinqiancao en est un exemple : elle peut être constituée de l'une des cinq espèces suivantes : 1, Glechoma longituba (Nakai) Kupr.; 2, Desmodium styracifolium (Osbeck) Merr.; 3, Lysimachia christinae Hance; 4, Dichondra repens Forst.; 5, Hydrocotyle sibthorpiodes Lam. bar batrachium (Hance) Hand.-Mazz. Dans ce genre de cas, le nom pharmaceutique est généralement une translittération du nom mandarin, à savoir « jian qian cao », précédé de la partie de la plante ou de l'animal, qui est ici « Herba ».
Parfois, des adjectifs sont ajoutés au nom pharmaceutique pour indiquer la façon dont la plante a été préparée commercialement. Par exemple, Radix Rehmanniae Glutinosae Conquitae désigne les racines (Radix) de Rehmannia glutinosa qui ont été cuites (Conquitae) puis séchées. Cette préparation pharmaceutique se distingue de Radix Rehmanniae Glutinosae, qui est la même plante, sauf qu'elle est séchée mais non cuite. De même, Rhizoma Zingiberis Recens est la racine de gingembre fraîche, tandis que Rz Zingiberis est la préparation séchée. La méthode de préparation commerciale par défaut est le séchage ou la déshydratation, sauf indication contraire donnée par des qualificatifs ajoutés au nom pharmaceutique.
Les abréviations couramment utilisées pour certaines parties de plantes ou d'animaux et leur signification sont énumérées ci-dessous. Les entrées sont présentées dans l'ordre suivant : (1) partie de la plante ou de l'animal (en latin) ; (2) abréviation, le cas échéant ; (3) terme courant en français.
Parties de la plante
- Bulbus; Blb; bulbe
- Caulis; queues de la racine
- Concretio; sécrétions coagulées
- Cortex; Cx; cortex ou écorce
- Flos; Fl; fleur
- Folium; Fm; feuille
- Frucificatio; corps fructifère (c.-à-d. d'un champignon)
- Fructus; Fr; fruit
- Galla; galle (une tumeur végétale causée par un insecte ou un autre irritant)
- Herba; Hb; herbe, la plante entière
- Lignum; bois de cœur (duramen)
- Pasta; pâte faite à partir d'une partie de la plante
- Pericarpium; Pc; péricarpe ou « peau »
- Pollen; pollen
- Radice; radicelle
- Radix; Rx; racine
- Ramulus; Rml; brindille
- Ramus; Rm; branche
- Rhizoma; Rz; rhizome
- Secretio; sécrétions
- Semen; S; graine
- Spica; épi floral
- Spora; spores (c.-à-d. d'un champignon)
- Tuber; tubercule
Parties de l'animal
- Carapax; carapace (face dorsale de la carapace d'une tortue)
- Colla; peau
- Concha; conque ou coquille, comme celle d'une huître
- Cornu; corne
- Dens; dents
- Gelatinum; gélatine extraite par cuisson
- Nidus; nid
- Ootheca; oothèque (comme celle d'un insecte)
- Os; os ; désigne parfois de l'os fossilisé
- Plastrum; plastron (face ventrale de la carapace d'une tortue)
- Squama; écailles
Divers
- Conquitae; cuit
- Recens; frais et non séché
- seu; ou
- et; et
- cum; avec