De farmaceutische naam is meestal afgeleid van de Latijnse botanische naam en bestaat uit een term die het gebruikte deel van de plant of het dier aangeeft, gevolgd door de geslachtsnaam. Soms wordt ook de soortnaam toegevoegd in gevallen waarin meer dan één lid van een geslacht is opgenomen in de materia medica.
Radix Bupleuri is de farmaceutische naam voor gedroogde wortels van Bupleurum chinense D.C. of Bupleurum scorzoneraefolium Wild.; beide soorten zijn onderling uitwisselbaar in hun toepassingen. Een ander voorbeeld is Radix Angelicae, dat verwijst naar de wortels van een van drie soorten: Angelica dahurica Benth. et Hook., A. anomala Lallem., en A. taiwaniana Boiss.
Radix Angelicae Sinensis daarentegen is de farmaceutische naam van een ander kruid, met heel andere eigenschappen dan Radix Angelicae, en wordt onderscheiden door de expliciete vermelding van de soortnaam, sinensis, in de farmaceutische naam.
In bepaalde gevallen kan een vermelding in de materia medica uit meerdere soorten van verschillende geslachten bestaan. Een voorbeeld hiervan is Herba Jinqiancao, dat kan bestaan uit een van vijf soorten: 1, Glechoma longituba (Nakai) Kupr.; 2, Desmodium styracifolium (Osbeck) Merr.; 3, Lysimachia christinae Hance; 4, Dichondra repens Forst.; 5, Hydrocotyle sibthorpiodes Lam. bar batrachium (Hance) Hand.-Mazz. In dergelijke gevallen is de farmaceutische naam doorgaans een transliteratie van de Mandarijnse naam, namelijk "jian qian cao", voorafgegaan door het plant- of dierdeel, in dit geval "Herba".
Soms worden bijvoeglijke naamwoorden toegevoegd aan de farmaceutische naam om aan te geven hoe het kruid commercieel is bereid. Radix Rehmanniae Glutinosae Conquitae bijvoorbeeld bestaat uit de wortels (Radix) van Rehmannia glutinosa die zijn gekookt (Conquitae) en vervolgens gedroogd. Deze farmaceutische bereiding wordt onderscheiden van Radix Rehmanniae Glutinosae, hetzelfde kruid, behalve dat het wel gedroogd maar niet gekookt is. Evenzo is Rhizoma Zingiberis Recens verse gemberwortel, terwijl Rz Zingiberis de gedroogde bereiding is. De standaardmethode van commerciële bereiding is drogen of dehydratie, tenzij anders aangegeven door toegevoegde modificatoren in de farmaceutische naam.
Veelgebruikte afkortingen voor bepaalde plant- of dierdelen en hun betekenissen staan hieronder vermeld. Vermeldingen staan in de volgende volgorde: (1) plant- of dierdeel (Latijn); (2) afkorting, indien van toepassing; (3) gangbare Nederlandse term.
Plantendelen
- Bulbus; Blb; bol
- Caulis; staartwortels
- Concretio; gestolde afscheidingen
- Cortex; Cx; schors of bast
- Flos; Fl; bloem
- Folium; Fm; blad
- Frucificatio; vruchtlichaam (bijv. van een schimmel)
- Fructus; Fr; vrucht
- Galla; galnoot (een plantentumor veroorzaakt door een insect of andere irritant)
- Herba; Hb; kruid, de gehele plant
- Lignum; kernhout
- Pasta; pasta gemaakt van een plantendeel
- Pericarpium; Pc; pericarp of "schil"
- Pollen; stuifmeel
- Radice; worteltje
- Radix; Rx; wortel
- Ramulus; Rml; twijg
- Ramus; Rm; tak
- Rhizoma; Rz; wortelstok
- Secretio; afscheidingen
- Semen; S; zaad
- Spica; bloeiaar
- Spora; sporen (bijv. van een paddenstoel of schimmel)
- Tuber; knol
Dierdelen
- Carapax; carapax (rugzijde van een schildpadschild)
- Colla; huid
- Concha; schelp, zoals van een oester
- Cornu; hoorn
- Dens; tanden
- Gelatinum; gelatine gewonnen door koken
- Nidus; nest
- Ootheca; eierkapsel (zoals van een insect)
- Os; bot; verwijst soms naar gefossiliseerd bot
- Plastrum; plastron (buikzijde van een schildpadschild)
- Squama; schubben
Diversen
- Conquitae; gekookt
- Recens; vers & ongedroogd
- seu; of
- et; en
- cum; met